Специалисты ФНС России разъяснили вопросы удержания и перечисления НДФЛ в бюджет ИП, который применяет УСН и уплачивает ЕНВД (письмо ФНС России от 25 февраля 2016 г. № БС-3-11/763@ "Об уплате сумм налога на доходы физических лиц индивидуальным предпринимателем"). Речь идет об ИП, который имеет наемных работников и исполняется обязанности налогового агента по НДФЛ.

Согласно общему правилу, НДФЛ, исчисленный и удержанный налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником дохода, уплачивается в бюджет по месту учета (месту жительства) налогового агента в налоговом органе (п. 7 ст. 226 НК РФ). Однако этой же нормой установлено, что ИП, которые встали на учете в налоговом органе по месту осуществления деятельности в связи с применением ЕНВД и (или) ПСН, с доходов наемных работников обязаны перечислять исчисленный и удержанный НДФЛ по месту своего учета в связи с осуществлением такой деятельности.

Таким образом, ИП, осуществляющий деятельность облагаемую в рамках УСН, с доходов, выплачиваемых работникам, нанятым в целях осуществления такой деятельности, перечисляет НДФЛ в бюджет по месту своего жительства. А вот с доходов работников, которые заняты в деятельности, облагаемой ЕНВД, – по месту учета ИП в связи с осуществлением такой деятельности. То же самое правило применяется и при представлении ИП в налоговые органы расчета по форме 6-НДФЛ в отношении своих наемных сотрудников (п. 2 ст. 230 НК РФ).

При этом налоговики обращают внимание на необходимость ведения раздельного учета доходов, полученных по каждому из видов предпринимательской деятельности.

Также специалисты ФНС России рассмотрели ситуацию, при которой сотрудник ИП получает доходы, относящиеся к двум режимам налогообложения (УСН и ЕНВД). В этом случае, по мнению налоговиков, НДФЛ с доходов в части применения УСН, должен перечисляться в бюджет по месту жительства ИП, а с доходов в части применения ЕНВД, – в бюджет по месту учета ИП в связи с осуществлением такой деятельности.